События в одиннадцатом сезоне сериала "Склифосовский" разворачиваются в главном институте скорой помощи, где врачи ежедневно сталкиваются с вызовами своей профессии. Олег Брагин, выдающийся хирург с богатым опытом, регулярно спасает жизни пациентов, несмотря на идеальные показатели на работе, часто сталкивается с различными трудностями. В новом сезоне его ожидает ЧП, затрагивающее не только его личную жизнь, но и семью.
С появлением нового главврача в институте начинаются кардинальные перемены. Проводится внеплановая аттестация медперсонала, и внедряются новые реформы с перестановкой кадров. Ирина Павлова, заведующая отделением, лишается трех врачей, но находит новых сотрудников. Возвращение супругов Пастуховых приводит к новым событиям, особенно когда Марина Нарочинская наследует дом, ставший источником новых приключений для Брагина.
Ирина Федоровна сталкивается с трудностями в отношениях с новым начальником, что приводит к потере работы, но она быстро находит новое занятие - няней для семьи Брагиных. У Нины возникают трудности с ее мечтой о счастливой семье, когда в ее жизнь вмешивается гость из прошлого.
После перестановок и изменений в их личной жизни врачи не могут забывать, что, прежде всего, они врачи, и каждый день они сталкиваются с вызовами медицинской практики. К тому же в отделении объявлен карантин из-за неизвестного вируса, что создает новые вызовы для медицинского персонала.